Program Studi Teknologi Budidaya Perikanan telah menerapkan kurikulum berbasis dual system. Kurikulum ini akan menunjang untuk menciptakan lulusan yang kompeten dalam bidang budidaya perikanan Program Studi Teknologi Budidaya Perikanan memfasilitasi implementasi Merdeka Belajar-Kampus Merdeka (MB-KM), dengan memberikan hak belajar tiga semester di luar program studi. Mahasiswa akan melakukan Praktek Kerja Industri (PRAKERIN) selama 2 semester di IDUKA, yaitu semester 5 dan 6. Dua semester PRAKERIN di IDUKA dilakukan pada industri berbeda, yaitu industri pembenihan ikan dan industri budidaya (pembesaran) ikan. Pada semester 7, mahasiswa diberi kebebasan untuk memilih salah satu kegiatan dari 9 program MB-KM yang disetarakan dengan 20 SKS. Melalui metode ini, diharapkan meningkatkan kompetensi lulusan, baik soft skills maupun hard skills, agar lebih siap dan relevan dengan kebutuhan zaman, menyiapkan lulusan sebagai pemimpin masa depan bangsa yang unggul dan berkepribadian. Program-program experiential learning dengan jalur yang fleksibel diharapkan akan dapat memfasilitasi mahasiswa mengembangkan potensinya sesuai dengan passion dan bakatnya.

Mahasiswa dibekali pula sertifikasi kompetensi teknis yang dikeluarkan oleh Badan Nasional Standarisasi Profesi (BNSP), Cara Budidaya Ikan yang Baik (CBIB) dan Cara Pembenihan Ikan yang Baik (CPIB) yang dikeluarkan oleh Kementerian Kelautan dan Perikanan (KKP).